در برنامه ملی ثبت کراتوکونوس، جمع آوری اطلاعات در چندین مرحله مختلف صورت می گیرد، به گونه ای که در هر یک از این مراحل به ابزار جمع آوری اطلاعات متفاوتی نیاز می باشد. در بیماران با تشخیص کراتوکونوس شرح حال کامل بیماری های چشمی و سیستمیک بیمار و خانواده وی طی مصاحبه ای حضوری پرسیده می شود. همچنین نتایج حاصل از تمامی معاینات بالینی افراد نیز به روش مشاهده ای بررسی و ابتدا در فرم های معاینه از پیش طراحی شده و سپس در نرم افزار مورد نظر ثبت می گردد.. همچنین تمامی مستندات حاصل از گزارشات آزمایشگاهی و تصویربرداری های پاراکلینیکی نیز به عنوان فایل ضمیمه در سیستم ذخیره می شوند.